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黄连素口服后，几乎不被胃肠道吸收，只是停留在肠道，对抗致病的细菌。这一特性虽然使黄连素对胃肠道以外的感染没有效果，但由于黄连素不被吸收入血液，所以副作用很小。科学家曾给小鼠按每千克体重8克的用量服用黄连素，24小时后尚有半数小鼠存活。如果换作是体重60千克的人，相当于每天吃上接近250克。黄连素最常见的副作用是便秘，大量应用后偶有恶心、呕吐、皮疹及发热，停药后即可消失。
需要指出的是，腹泻后如果口服两三粒黄连素即可见效，大多属于非感染性腹泻或胃肠功能紊乱等疾病。对于这些与细菌无关的腹泻，黄连素毫无作用。虽然服药后常常症状缓解，但一般与用药无关。虽然黄连素很安全，但有不少人一腹泻就吃黄连素，确实很不必要。
