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在食品质量安全方面，《规划》强调，要重视食品质量安全，聚焦食品源头污染问题日益严重、过程安全控制能力薄弱、监管科技支撑能力不足等突出问题，重点开展监测检测、风险评估、溯源预警、过程控制、监管应急等食品安全防护关键技术研究。重点突破食品风险因子非定向筛查、快速检测核心试剂高效筛选、体外替代毒性测试、致病生物全基因溯源、全产业链追溯与控制、真伪识别等核心技术，强化食品安全基础标准研究，加强基于互联网新兴业态的监管技术研究，构建全产业链质量安全技术体系。
在药品质量安全方面，《规划》指出，要瞄准临床用药需求，完善化学仿制药一致性评价技术体系，开展高风险品种、儿童用药、辅助用药的质量和疗效评价，以及药品不良反应监测和评估、药品质量控制等研究，提高我国居民的用药保障水平，提升药品安全风险防控能力。
创新驱动发展是保障食品药品安全的重要基础，食品药品监管系统将深入贯彻落实《规划》提出的要求，大力推进食品药品安全科技创新体系建设，着力提高食品药品安全科技创新能力，积极创造良好的创新生态环境，切实把思想和行动统一到十三五的部署和要求上来，为保障人民群众饮食用药安全、推进健康中国建设贡献力量。
