首先，市场长期的迷思是处方外流可以破除以药养医，但事实上处方是否外流和以药养医的关系并不大。处方外流其实仅指门诊处方的外流，住院的药品是院内必须使用的，不仅无法外流，也是医院必须储备的。因此，医院不可能没有药房，也不可能完全破除以药养医。普遍意义上所指的处方外流仅是破除门诊的以药养医，但即使门诊处方全部外流，医和药的链条仍将紧密维系，并不会因为处方是否在院内就发生改变。
如果从医药分开的角度来看，并不是处方留在院内就不能切断医药之间的利益链条。集采模式已经证明，只要将药价虚高的灰色部分去除，医药一样可以分开。但如果从之前的医药分开实践来看，事实上大部分外流的处方都流到了指定的零售药店，尤其是院边店，这里一样存在着明显的利益输送关系，只是将利益链条从院内搭建到了院外。更进一步的是，互联网医院也成为处方利益链条的一个工具。因此，医药分开的核心本质是能否将药价下降到合理空间，从而减少利益输送，而不是简单的看医药能否分开。如果医药分开一样具备明确的利益连接，那处方流出并不存在明显的价值，甚至成为真正的医药分开的阻碍因素。
而且，即使医生的服务性收入得到了很高的提升，药企对医生处方施加影响的能力并不会就此削弱。比如在美国，2014-2017年，药企支付给医生的总费用达33亿美元，平均每年是8.21亿美元。虽然这主要是支付演讲费和咨询费，且与医生的收入相比并不高，但持续频繁的接触有助于药企对医生持续施加影响力，强化医生对处方开具的偏好。
其次，处方外流也不是必然能降低医疗成本，甚至还会抬升医疗成本。
以美国市场为例，虽然门诊处方外流，但外流的处方主要由药品福利公司（PBM）处理，这些PBM通过掌握了处方的入口后，不再满足于原先只处理处方和进行理赔。PBM公司核心的获利途径来自其在市场上掌握的权力，这主要包括四点：制定药品目录、与支付方谈判明确保险支付价、与药企谈判获得折扣和返点和与药店谈判获得折扣。PBM通过为保险公司制定药品目录并谈判获得保险支付价来掌握药品采购的核心，再与药企谈判明确药品销售所获得的明暗（折扣和返点）两种收入，并在零售渠道建立好自己的网络和给予药店的价格。但值得注意的是，大型PBM都有自己的药店网络，因此他们对其他药店的排斥性越来越强。
为了增加自身的收入，PBM公司并没有动力去控制药价，因为只有药价越高，他们的返点就越多，这造成了医疗成本的急剧抬升。
而日本则是通过处方释出费来推动处方外流。虽然处方外流的比率较高，到2018年，处方流出率达到了91%，97%的药店都加入到处方外流的药品服务提供网络。但是，这种处方外流是以高额代价进行的，比如，2013年，处方流出率是67%，发行处方笺数量一年有7亿6300万张，处方配药报酬额达6兆6500亿日元。由于代价过于高昂，这对其他国家和地区来说，显然难以复制。
最后，处方外流与分级诊疗的关系并不密切，并不是病人回流基层就会带来处方外流。理论上来说，基层医疗越发达，处方外流的可能性就越大。因为对基层医疗机构而言，自建药房对成本压力很大，特别是对只有一个医生的小诊所而言，完全没必要建立自己的药房。因此，实行基层守门人制度的地区，处方外流大比例比较大。
但是，随着医联体和医共体的推行，中国的基层正日益与大型医院融合，在医联体内部形成了一个市场，推动药品在基层的销售，而不是流出。以社区医疗为例，作为基层中唯一门诊费用还在持续增长的载体，社区医疗主要得益于城市三级医院的扩张及医联体带动基层开药和转诊。药品目录扩大给社区卫生中心带来了门诊量的增长。从收入结构来看，社区卫生机构的门诊占其总收入的57%，住院占6%，补贴占37%。明显是依赖门诊的模式，而门诊又主要依赖药品收入。
这一点在美国市场也可以得到印证。随着支付方报销政策的收紧，很多基础医疗的全科医生无力独自支撑，纷纷将自身的诊所卖给医院。美国独立执业的医生数量在15年来下降了20个百分点，从近60%下降到不到40%。但是，随着医院开始大规模进入门诊领域，医院正日益倚靠这些门诊机构来销售药品获利。
美国的门诊业务本来是医药分开，但住院业务的药品仍然主要是由医院来销售。随着医院收购诊所之后，医院更倾向于通过门诊来销售自己的药品而非通过药店。这是因为医院通过在门诊销售药品可以获得高额的利润。医院的门诊业务和商业保险的结算是按照医院收费的67%来折算的，由于医院收费高昂，通过门诊来销售药品对医院来说已经成为获利的新途径。
虽然美国的医疗服务已经非常昂贵，与药品的高价和高利润相比仍然相形见拙，这也是医院不惜与药店抢夺业务的原因。
虽然处方外流有着上述三个迷思，但其并不是毫无价值，其核心价值在于推动市场的透明化。由于医疗机构对处方长期形成垄断，且院内审方难以在利益一致的情况下进行有效的审查。因此，外部监管难以从临床路径的角度对医生的诊疗行为进行规范。如果处方能够外流，院外药师根据临床路径对处方进行有效审核，从而建立一整套完整的审方体系，这将有助于整个体系的透明化和从总体上降低医疗成本。
因此，从总体上来看，处方外流并不是一个医疗改革的必选项。其并不是破除以药养医和降低医疗成本的主要工具，而是在医改过程中的备选项，能否最终真正规模化在于改革的主要目标是否需要这一工具的推动。