但随着电子病历的普及，其弊端也日益显现。
美国最大的医办医疗纠纷保险商TheDoctorsCompany就电子病历涉医疗纠纷这一话题先后进行过两次调查。其近日公布的调查结果表明，过去10年中，电子病历引发的医疗纠纷数量不断攀升。尽管整体涉案比重不大，但其涨幅却惊人：2014年6月至2016年12月，66起医疗纠纷涉及电子病历，而2007年至2010年间，则仅有2起。
前文所述的66起电子病历相关起诉中，有50%直指电子病历系统，较之前增长了8%。而电子病历系统的问题集中表现为：技术不完善、设计不合理、医院电子病历缺乏整合、无提示预警功能、系统缺乏互操作性（即信息系统之间的互联互通）。而系统缺乏互操作性这一点最为严重，各医疗机构之间无法共享、整合患者信息从而进行护理协调。虽然美国政府制定了加强互操作性的蓝图，但实施情况并不理想。
操作失误是电子病历的另一大问题，如数据录入错误、复制粘贴错误、疲劳走神等。据调查，涉及操作失误的医疗事故纠纷占到了调查总数的58%，较之前增加了6%。
电子病历所涉医疗纠纷的多发地为：病房
研究还表明，电子病历所涉案件多发生在住院病房，而医院门诊、医生办公室、门诊手术中心、产房、急诊科则较为少见。
骨科、妇科医学、急诊医学领域，电子病历引发的医疗纠纷还在增加，而内科、医院药品、心脏医学、家庭医学及护理的涉案率则有所下降。
电子病历仍在不断发展，用户对其好处及潜在问题也将有越来越全面的认识。一方面，要认识到它有效提升了患者安全；而另一方面，也要客观看待其黑暗面，并想出对策趋利避害。