其实，有了企业发展战略、产品战略和商业模式后，以市场为导向的体系化营销就基本清晰了。体系化营销要注重三点：系统、市场和销售。
系统的建设：营销系统包括营销组织、营销管理流程、营销制度和营销薪酬绩效等。
营销组织层面，不同的制药企业由于发展战略、产品战略、商业模式不同，是有很大区别的。
很多制药企业营销组织内部看似有营销财务部、营销人力资源部、企划部、市场部、销售部、政府事务部、招商部、流通部、KA部、诸多产品事业部、区域事业部、品牌部、培训部等，但是部门内容存在巨大差异。由于制药企业的商业模式不同，很多部门的设置有较为严格的要求。不同商业模式下，营销组织的部门存在很大差异。
现在一些制药企业的很多部门设置是无效的，或者部门设置重叠，造成很大的资源浪费，同时很多具体工作无部门承接。
营销组织设置要先有工作活动，后有工作职位，再有工作流程，最后才能形成营销组织。意思是说，在企业发展战略和商业模式前提下，有哪些工作事务要做，工作事务其实就是工作活动;知道工作事务后，就需要设置工作岗位以承接工作事务;由于很多工作事务是串联进行的，就是多个岗位协作进行，这就需要有工作流程;把工作流程对接起来，就形成了营销组织。
这样构建的营销组织具有简单化、扁平化和效率高的特性，因为事务都由具体的岗位承接了，不存在遗漏、重叠，各司所职。
营销组织设置，在医药行业一般有两大类型：
一是直线职能制：直线-职能型组织结构被称为“U-型组织”，或“简单结构”，或“单一职能型结构”、“单元结构”。直线职能制的职权和命令是一条直线，一层管一层，不跨层级，不交叉，不重叠，每个部门都承载一定的专业工作。
直线职能制的主要业务承接者是生产和销售，因为生产和销售承接了制药企业发展的根本要素，但也存在参谋部门，比如市场部、政府事务部、财务部、企划部等。参谋部门主要是制定计划、方案、建议等，不能直接向层级部门人员下达任务，而是交给直线权力所有者发布并监督执行。
直线职能制是高度集权的营销组织形式，现在中国绝大多数制药企业都是直线职能制营销组织模式。
优点：直线职能制的营销组织成本低、责任清晰、指挥统一、分工细密、注重专业化、效率较高。
缺点：由于直线职能制高度集权，下属部门和职能岗位缺乏必要的决策权，经营压力最终汇集到高层，同时直线职能制部门横向联系差，缺乏部门间协作。在经营信息方面，由于信息链条较长、决策慢，容易与市场脱节，市场人员或者销售人员看到的内容或者汇报的内容经过多层传递后到了决策层已经发生信息扭曲或者信息勘误，致使决策层很难看清市场的实际竞争状况。
直线职能制在进行制药企业战略调整时，需要进行组织再造。
直线职能制的营销组织再造是为了更适合战略目标和战略发展，现在很多制药企业的营销组织都存在效率低下、沟通困难、工作执行混乱、人浮于事的情况。原因是战略不清晰，或者在重塑组织时很多组织岗位不是根据战略发展需要设定的，而是领导根据需要自行设定的。
二是事业部制：事业部制结构最早起源于美国。我国制药企业事业部制发展历程较短，基本都是从直线职能制上添加事业部形成的。
事业部制适合大中型制药企业，大中型制药企业的分公司众多、企业规模大、产品品种多、经营范围广，如果再用直线职能制就很难构建有效的管理体系。
中国的制药企业目前多在进行多元化发展，营销也会进行多元化的营销布局，这时就需要对原有的直线职能制营销组织进行改组，但很多制药企业的营销组织改造存在问题。很多制药企业仅仅是在直线职能制基础上添加了事业部，这不是真正的事业部制，所以，很多制药企业在事业部运行中存在诸多问题。
真正的事业部制是每个事业部独立核算，有较大的权限。
第三方医药服务平台麦斯康莱创始人史立臣认为事业部制其实是把部分集群产品的生产、营销等统一聚合，形成独立的业务单元，凡是和这个集群产品相关的原材料采购、生产、仓储、物流、销售、生产、参谋等都汇集到事业部中，但这种类型的事业部在国内制药企业中是比较少的。
由于一些大中型制药企业的原材料采购、生产、仓储、物流、销售、生产是统一运行的，所以，国内的制药企业就在营销组织中建立了事业部。而很多营销体系中的事业部还要受营销组织内部的市场部门、财务部门、企划部门、政府关系部门、商务部门、医学部门等的辖制，这种事业部很难发挥效能。
说白了，很多制药企业中营销组织的事业部就是一个产品群销售部，由于先天缺陷很难有建树。