未名企鹅注册成立于2015年11月，公司全称未名企鹅（北京）科技有限公司，核心创始人邹晓亮曾为原腾讯媒体产品、商业运营副总经理。
2016年3月30日，未名企鹅对外宣布获得了数千万元的天使轮融资，领投方为经纬创投。
2016年6月3日，未名企鹅与九州通达成战略合作。亿欧此前报道，九州通全部OTC品类将上线未名企鹅旗下医药电商平台，并在仓储、物流方面开放其第三方物流，为未名企鹅旗下医药电商平台客户提供服务。
2016年8月24日，未名企鹅正式对外宣布已经收购了持有《互联网药品交易服务资格证书》A证的民生医药配送中心有限公司，以弥补其在医药B2B第三方交易平台上资质及牌照上的短板。
未名企鹅是一个为上游医药生产企业、医药流通企业和下游药店终端诊所等提供交易的医药电商B2B第三方平台。与大多数医药B2B电商平台的名字相比，未名企鹅名字显得颇具个性。据亿欧此前报道，其名字来源与未名企鹅北大孵化、创始人及核心团队腾讯背景有关。据未名企鹅方面提供的信息介绍，“在2017年1月完成A轮融资前，未名企鹅已经完成在长三角地区重点布局，覆盖杭州、宁波、温州、仙居等十几个城市，线上药店数万家，上线五个月来，每月交易额保持100%以上增长。”
对于此次融资后的发展计划，未名企鹅方面信息介绍，“此轮融资将主要用于继续加大技术、产品的投入，利用公司雄厚的互联网产品和技术优势，深入加强服务能力。数据化、算法和产品演进能力是未名企鹅模式的基石，实现客户在平台上低成本的高效互动，精准满足每一位客户的个性化需求。同时，将进一步推进城市拓展，预计2017年未名企鹅业务将开至100个城市，编织高效的线上营销网络，服务上游药企、商业公司和下游终端客户。未名企鹅期待继续在药品流通领域与相关企业展开战略合作。”
2017年1月21日，中国政府网公布《国务院决定第三批取消39项中央制定地方实施的行政许可事项目录》，其中第28条指出，取消对互联网药品交易服务企业（第三方平台除外）审批，即除医药电商B证和C证之外，A证依旧需要国家局的严格审批。据国家食品药品监督管理总局信息显示，截至2017年2月20日，全国共有《互联网药品交易服务资格证书》A证43张。
医药电商B2B的下游客户是分布在全国各地的单体药店及诊所等。据商务部市场秩序司《2015年药品流通行业运行统计分析报告》显示，国家食品药品监督管理总局统计，截至2015年11月底，全国共有药品批发企业13508家；药品零售连锁企业4981家，下辖门店204895家，零售单体药店243162家，零售药店门店总数448057家。
目前，包括未名企鹅在内的医药电商B2B第三方平台主要还有药品终端网、京东医药、药师帮、国裕医药在线、珍诚医药在线、闻康商城、华中药品交易所、我的医药网、十二药网、药兜网、药便宜、药药好、金利达药品交易网、紫竹叶药泰网等。