2011年起，南京各公立基层医疗卫生机构（社区卫生服务中心）参加了实施基本药物制度为主的综合改革。2015年10月，南京全市二级及以上公立医院实施了医药价格综合改革。2017年1月1日起参改的公立医疗机构，包括军队、国有和企事业单位等举办的一级医院及其他未定级的医疗机构，凡是未参加上两轮改革的，均纳入参改范围。
此次纳入改革的公立医疗机构所有药品零差率销售，同步实施医疗服务价格调整。2017年1月1日起，一级及其他未定级医疗机构所执行的医疗服务项目价格有升、有降、有不改，并保持与二级医院的合理差价。据悉，本轮医药价格改革实施后，南京各级各类公立医疗机构的分级诊疗价格体系基本形成。