研发数据要长期存档备查。“注册申请人不仅应提供研发结果，还应提供充分支持研发结果的科学依据以及承担各项研究的全部单位、完成人或负责人名录、研究起止时间等溯源性资料。对研发的试验数据、试验记录和中试生产记录等原始资料，申请人应长期存档备查。”《细则》特别注重申请材料的可溯源性，在此基础上强化审评与监管的衔接。
监管部门不再从头管到脚，而是明确注册申请人的研发主体责任，加强事中事后监管。如对产品注册申请的安全性毒理学评价、保健功能评价试验不再指定机构，而是由具有法定资质的食品检验机构承担;申请人可自行开展功效成分或标志性成分、卫生学、稳定性试验，核查机构则仅对注册申请人的检测能力以及自检报告真实性等进行核查等。
由外审制向内审制过渡。以往，我国保健食品审批实行的是专家审查为主的外审制，借鉴药品审批的内审制，《细则》将推动保健食品由外审制向由保健食品审评中心工作人员审查为主的内审制过渡，提高审评效率和一致性。一方面，缩小外审范围，审评专家负责对新产品注册、增加保健功能变更注册申请材料进行技术审评。另一方面，扩大内审范围，审评中心负责对专家审查组审评报告进行审核和汇总，对补充材料、延续注册、转让技术、变更注册、证书补发等申请材料进行审评。
现行审评专家委员会由配方、毒理、功能、工艺、企标、卫化6个专家组构成，技术问题常常不能泾渭分明地划分到某一专家组，审评责任不清，审评过程难以溯源。《细则》以专家审查组审评模式取代审评专家委员会审评模式，厘清了责任。即由审评专家组成安全性、保健功能、工艺、产品技术要求专家审查组，分别对产品的安全性、保健功能、工艺、质量标准进行审评，形成审评结论;审评中心负责对专家审查组的审评报告进行审核和汇总，并结合申请材料审查、现场核查及复核检验，出具综合审评结论。
审评审批周期大幅缩短。根据《细则》，以受理机构受理注册申请为审评起点，申请材料审查不超过60个工作日，现场核查不超过30个工作日，复核检验不超过60个工作日，行政审查应在20个工作内完成，而等待注册申请人领取审评意见通知书、校核批准证明文件样稿、提交补充材料、现场核查、复核检验、复审的时间，为技术审评停滞时间，不计入审评时限。总计170个工作日的审评时限较现行法规大幅缩短。
为提高效率，《细则》对审评审批流程进行了优化，将现场核查、抽样和复核检验程序后置，节约注册申请人研发成本和核查机构行政成本。注册申请材料审评通过后，核查中心再组织开展现场核查，抽取下线样品，送复核检验机构检验。审评中心应综合申请材料审评情况、核查结论和复核检验结论，作出综合审评结论。申请材料审查、现场核查、复核检验等任一环节不符合要求，审评中心均终止审评，提出不予注册建议。
